Seria por el año 1569 que en el Perú se establecería la santa inquisición, siendo creada en ese entonces por el Rey de turno, Felipe II y no se trataba de nada más y nada menos que una filial de provincia del Consejo de la Suprema y general inquisición española, entrando en funciones esta filial por el año 1570 bajo cargo de quien en ese entonces era el virrey, Francisco de Toledo.
Servan de Ceresuela y Andrés de Bustamante fueron nombrados como los primeros inquisidores el Perú, el segundo de ellos fallece cuando se encontraba de camino a Lima, quedando solo Ceresuela a cargo de dirigir la inquisición en Lima. Al principio su local se ubicaba en lo que hoy es el Jirón de la Unión, pero lamentablemente este lugar era demasiado céntrico y no ayudaba mucho en la correcta operación del lugar, este sería el motivo por el que tiempo después su local sería trasladado a la casa de Nicolas de Rivera, aquí desarrollaría sus funciones hasta que fue abolida.
Aunque parezca sorprendente, la inquisición en Lima en sus inicios no se dedicó a perseguir indios y castigarlos o torturarlos, en su lugar se concentró en las altas tasas de extranjeros que llegaban a las tierras peruanas, tenían la misión de controlar la población de blancos, debido a que muchos cristianos de Europa venían para acá, la mayoría procedía de familias judías, que llegaban ilegalmente al territorio sin respetar las prohibiciones que había decretado la corona. Además, se tenía mucha preocupación de que parte de estos inmigrantes blancos se trataran nada más que de espías provenientes de las potencias que eran enemigas de la corona española.
Labor de la inquisición en Lima
Los datos históricos que han podido ser rescatados por los historiadores nos muestran que la inquisición se dedicó en su mayoría a los temas relacionados con la moral pública o social, estos asuntos comprendían más de la mitad de los procesos que se llevaron a cabo aquí, era de gran preocupación a la inquisición mantener los valores que se habían traído junto al cristianismo, nos referimos a el respeto a Dios, el respeto del matrimonio, el voto de castidad, valores, principios correctos, etc. Según datos históricos los casos de Herejía solo abarcaron un poco más del 10 por ciento, lo que nos dice que los controles para evitar la propagación de sectas protestantes o que veneraban a otros dioses dieron bastante resultado.
Sanciones de la inquisición en Lima
Al inicio de sus operaciones en el territorio peruano, la santa inquisición centro su vista como ya lo mencionamos antes en los extranjeros que llegaban al Perú, fue a estos a los que les aplico las primeras sanciones, y en los primeros años fueron los más atacados por esta institución, el trato provenía no solamente por una mala relación religiosa sino también política, al parecer la primera solo era una manera de camuflarla. El primer desafortunado que fue condenado a arder en el fuego fue el francés Mateo Salado, luego de este muchos de los forasteros procesados se cree que habrían sido piratas que llegaban con hambre de oro y riqueza a las cosas peruanas, motivados por mitos y leyendas del dorado, también se trataban de corsarios enviados por Inglaterra para luchar y obstruir a los buques españoles, buscando así disminuir su poderío militar y naval, para así ir controlando poco a poco territorios en las Américas.

Uno de los casos de alumbrados más famosos de la inquisición se trató del fray Francisco de la Cruz, quien fue considerado como uno de los más importantes en su historia puesto que se trató de un hombre que estudio teología y llego incluso a ser catedrático en la materia pero debido a su doctrina, que no se sabe con exactitud de que se trataba y lo único que queda son los registros de los inquisidores, se oponía a los dogmas católicos y era muy subversiva hacia la corona, realizando campañas que buscaban que la población se alzase contra el dominio español.
Durante los más de dos siglos que inquisición estuvo en el Perú, el tribunal logro sentenciar a cerca de 1500 personas, la mayoría de ellas fueron condenadas a simplemente pagar multas, llevar a cabo rezos, utilizar el sambenito y tan solo 32 de todas ellas fueron condenadas a muerte, siendo casi la mitad de ellos llevados a la hoguera donde eran quemados vivos, otros más eran asesinados con el garrote.
Sería un 22 de febrero del año 1813 que la inquisición seria abolida en el Perú, bajo el decreto de las Cortes de Cádiz que fue publicado el 30 de julio de ese mismo año, se abolió oficialmente a esta institución. Lamentablemente se permitió a un grupo de personas que entrasen al lugar luego de su abolición, pero esto ocasiono que otras llegaran para saquear las instalaciones, lo que ocasionaría que se perdiese mucha información de alto valor por la falta de valores peruana. Al año siguiente cuando el Rey Fernando VII recupera su trono, intenta que la inquisición vuelva a funcionar en Lima, pero no sucedió como él quería puesto que solo fue algo nominal mas no real, años más tarde a raíz de la emancipación de los pueblos latinoamericanos se eliminaría por completo cualquier tipo de dependencia de la corona española, marcando así el fin definitivo de la Santa Inquisición en territorio peruano y sudamericano.
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